В предложении "Воздух уже потемнел, и в нем выделялся ствол каждого дерева" имеется сложное главное предложение, состоящее из двух частей, объединенных союзом "и".
Первая часть предложения: "Воздух уже потемнел". В этой части предложения главным членом является сказуемое "потемнел", выраженное глаголом в повелительном наклонении. Подлежащее - "воздух", является подлежащим в именительном падеже.
Вторая часть предложения: "и в нем выделялся ствол каждого дерева". Здесь также присутствует главное сказуемое "выделялся", выраженное глаголом в прошедшем времени. Подлежащее - "ствол каждого дерева", выраженное существительным в именительном падеже во множественном числе. Связь между подлежащим и сказуемым выражена в согласовании по числу.
Обе части предложения выполняют функцию описания состояния воздуха и визуализации стволов деревьев в нем.