Кладограммы можно создавать путём сравнения как нуклеотидных последовательностей ДНК, так и аминокислотных в белках, причём не всегда результаты анализа совпадают (см., например, рисунок). Почему основанные на последовательностях ДНК кладограммы оказываются более надёжными для реконструкции филогенетического родства видов? Аминокислоты менее химически стабильны, чем нуклеотиды ДНК. При замене любой аминокислоты в последовательности белка он теряет свою функцию, а при замене нуклеотида – нет. Различных вариантов белков гораздо больше, чем вариантов генов. ДНК мутирует, а белки – нет. Несколько разных триплетов нуклеотидов могут кодировать одну и ту же аминокислоту.