Кладограммы можно создавать путём сравнения как нуклеотидных последовательностей ДНК, так и аминокислотных в белках, причём не всегда результаты анализа совпадают (см., например, рисунок). Почему основанные на последовательностях ДНК кладограммы оказываются более надёжными для реконструкции филогенетического родства видов? Несколько разных триплетов нуклеотидов могут кодировать одну и ту же аминокислоту. ДНК мутирует, а белки – нет. Аминокислоты менее химически стабильны, чем нуклеотиды ДНК. Различных вариантов белков гораздо больше, чем вариантов генов. При замене любой аминокислоты в последовательности белка он теряет свою функцию, а при замене нуклеотида – нет.