В данном предложении у нас имеется сложное предложение с придаточным (временным) обстоятельственным от начального времени и подчинительным союзом "между". Главное предложение в этом случае можно восстановить по следующему образу:
Кло́чья неба проглядыва́ют кое-где.
А придаточное предложение с относительным определением имеет следующую структуру:
Между древесными стволами, которые были обросшими в течение десятилетий седым мхом и узорчатыми лишаями, кое-где проглядывают клочья неба.
Таким образом, в предложении дано описание места, в котором происходит действие проглядывания клочьев неба, с указанием характеристики древесных стволов.