Природные зоны Таджикистана включают в себя пять основных типов: горы высоких гор, горы средних высот, предгорья и низменности, пустыни и пустынные равнины, а также высокогорные пустыни.
Горы высоких гор занимают значительную часть территории Таджикистана, представленных в основном Алайскими и Памирскими хребтами. Горы средних высот находятся на периферии страны и включают Хисарские, Гиссарские и Зеравшанские хребты. Предгорья и низменности наиболее пригодны для сельского хозяйства и населены наиболее интенсивно. Пустыни и пустынные равнины распространены на западе и востоке страны, а высокогорные пустыни находятся в предгорьях Академия Наук и Тагай-Бадахшан.
Таким образом, разнообразие природных зон Таджикистана создает уникальную экосистему, способствующую разнообразию флоры и фауны и определяющую характер страны.