Почему колышется пишется через ша

Форма "колышется" является глагольной формой, которая образуется от глагола "колыхаться". В данном случае, слово "колышется" пишется через "ша", потому что в русском языке для образования формы 3-го лица множественного числа настоящего времени глагола с окончанием "-ся" используется суффикс "-ша-": колыхаться - колышется.