Правительство РФ командует вооруженными силами да или нет?

Правительство РФ является верховным командованием Вооруженными силами России. Оно принимает стратегические решения и указывает на выполнение военных задач. Таким образом, ответ на ваш вопрос - да, правительство РФ командует вооруженными силами.