В данном случае, когда в один стакан налита холодная вода, а в другой - кипяток, стоит учитывать, что внутренняя энергия жидкости зависит от ее температуры.
Кипяток имеет значительно более высокую температуру, чем холодная вода, и, соответственно, молекулы в кипятке движутся быстрее и обладают большей кинетической энергией. Это приводит к тому, что внутренняя энергия воды в стакане с кипятком будет больше, чем в стакане с холодной водой.
Таким образом, в стакане с кипятком больше внутренней энергии.