Жоңғар басқыншылығының басталуы бірнеше маңызды себептермен байланысты.
Жер ресурстарына жүгіну: Жоңғарлар, өздерінің экономикалық және әскери күштерін нығайту үшін жаңа жайылымдар мен су ресурстарын іздеді. Қазақ даласының кең байтақ жерлері олардың көзқарасына түсіп, байлық пен жайылым үшін күресуге себеп болды.
Саяси тұрақсыздық: XVII ғасырдың соңы мен XVIII ғасырдың басында Қазақ хандығында ішкі саяси тұрақсыздық орын алды. Хандықтың әлсіреуі жоңғарлардың шабуыл жасауына қолайлы жағдай туғызды. Қазақтардың арасында бөлінушілік пен ішкі күрестер басқыншыларға тиімді болды.
Ұлттық бірліктің болмауы: Қазақ хандығының әртүрлі ру-тайпаларының арасында бірлік болмағандықтан, жоңғарлар әр тайпаның әлсіз тұстарын пайдаланып, шабуылдарын жеңілдетті. Бұл басқыншылықты тоқтату үшін Қазақстанның белсенді құрылымдық өзгерістерге мұқтаж болғанын көрсетеді.
Шыңғыс хан ұрпақтарының арасындағы қарсыласу: Жоңғарлардың қазақтармен тарихи байланыстары мен Шыңғыс хан ұрпақтарымен конфликты да кескілескен соғыстарға себеп болды.
Жоңғар шапқыншылығы Қазақ хандығына үлкен әсерін тигізді. Олар қазақтардың шаруашылығына, мәдениетіне, сонымен қатар әлеуметтік құрылымына нұқсан келтірді. Шабуылдар нәтижесінде қазақтар көп нәрсені жоғалтты: жерлер, малдар, халық. Бірақ бұл кезең қазақтардың ұлттық бірлігін нығайтуға және өздерін қорғау үшін бірлесуге шабыт берген маңызды тарихи сәт болды.
Жалпы, жоңғар басқыншылығы қазақтардың тарихында терең із қалдырды, ол елдің саяси, әлеуметтік және мәдени дамуына зор әсер етті.