Либо do does либо аre am is "whats the matter? why ___ you crying?"

В этом предложении правильно использовать "are". Таким образом, полное предложение будет: "Что случилось? Почему ты плачешь?"

Слово "are" в данном контексте используется, так как оно относится ко второй форме множественного числа или ко второй форме единственного числа в Present Continuous (настоящее продолженное время). Если у тебя есть ещё вопросы о грамматике или других темах, буду рад помочь!