в городе Уфа или в городе Уфе

Правильный вариант — «в городе Уфе». В русском языке предлог «в» требует использования родительного падежа для именительного падежа, оканчивающегося на мягкий знак (в данном случае «Уфа» в форме предлительного падежа — «Уфе»).