В данном предложении "темно и глухо было на пустыре за церковной оградой" грамматическая основа состоит из подлежащего и сказуемого.
Подлежащее: «темно и глухо» (это составное подлежащее, так как состоит из двух частей) — описывает состояние, то есть атрибуты места;
Сказуемое: «было» — глагол, который обозначает действие или состояние.
В целом, грамматическая основа выражает, что в указанном месте (на пустыре за церковной оградой) было темно и глухо.
