Для проведения филогенетического анализа с целью построения макросистемы живых организмов, наилучшим образом подходят последовательности генов, кодирующих рибосомные РНК, такие как ген 16S рРНК. Этот ген широко используется в молекулярной систематике для определения филогенетических связей между различными группами организмов, особенно среди прокариотов (бактерий и архей).
Ген 18S рРНК также может быть полезен для анализа эукариотов, особенно одноклеточных. Ген цитохромоксидазы часто используется в исследованиях животных и может быть эффективен для более узкого анализа внутри определённых групп.
Гены миозина, пепсина и другие, как правило, более специфичны и могут использоваться для изучения отдельных видов или процессов, но для общего филогенетического анализа они не являются основными.
Таким образом, основное внимание следует уделить гену 16S рРНК и, возможно, гену цитохромоксидазы для построения макросистемы живых организмов.
