В русском языке форма родительного падежа (р.п.) считается более древней по своему происхождению, чем форма предложного падежа (п.п.). Это связано с тем, что родительный падеж более примитивен и широко использовался в языках, предшествующих современному русскому.
Что касается предложного падежа, то его использование связано с необходимостью показать местоположение или предмет обсуждения, а такие конструкции развивались позже.
По вашей фразе "кусок сыра" можно сказать, что "сыра" — это форма родительного падежа, а "сира" — предложного. Формулировка "производство сыра" также демонстрирует использование р.п. Для более глубокого понимания стоит рассмотреть контекст, в котором используются разные падежи.