При записи генотипа действительно принято указывать аллели в алфавитном порядке. Это делается для того, чтобы обеспечить единообразие и ясно обозначить генетическую информацию. Например, в вашем случае правильная запись генотипа ♀ааВВ действительно соответствует правилам, так как аллели расположены в алфавитном (латинском) порядке.
Каждая буква представляет конкретный признак: заглавная буква указывает на доминантный аллель, а строчная – на рецессивный. Таким образом, запись аллелей помогает не только в их идентификации, но и в понимании возможных генетических комбинаций, которые могут проявляться в фенотипе.
Если у вас есть дополнительные вопросы по этой теме или смежным вопросам генетики, не стесняйтесь спрашивать!