В данном высказывании пропущено слово «несмотря». Полное высказывание может выглядеть так:
«При сравнении «Истории Пугачёва», труда, в котором целью писателя была историческая правда, и художественного произведения (романа «Капитанская дочка») исследователи отмечали, несмотря на отношение А.С. Пушкина к образу Пугачёва.»
Это слово подчеркивает контраст и указывает на то, что, несмотря на историческую цель написания труда, в художественном произведении наблюдается особое отношение автора. Если возникнут дополнительные вопросы по теме, не стесняйтесь спрашивать!