Неравновесие по сцеплению (linkage disequilibrium, LD) действительно представляет собой интересный аспект популяционной генетики. LD возникает, когда частоты аллелей в определенных генетических локусах зависят друг от друга, что может быть вызвано различными эволюционными событиями. Давайте рассмотрим предложенные вами сценарии, которые могут привести к появлению ненулевого LD.
Прохождение популяцией, используемой для расчета LD, бутылочного горлышка. Да, это может привести к ненулевому LD. Бутылочное горлышко на этапе сокращения численности популяции может вызвать случайное изменение частот аллелей, что приводит к зависимостям между ними.
Определенная комбинация аллелей в локусах А и В характеризуется повышенной приспособленностью, чем эти аллели по отдельности. Это также может вызвать LD. Если определенные аллели более выгодны в комбинации, чем по отдельности, то их частота будет возрастать, формируя неравновесие.
Отсутствие в популяции, используемой для расчета LD, возможности к самооплодотворению. Это может способствовать образованию LD, так как скрещивание между разными особями приводит к более высокому уровню генетического разнообразия и может обусловливать ассоциации между аллелями.
Гермафродитизм особей, которые формируют популяцию, используемую для расчета LD. Гермафродитизм может влиять на генетическую структуру популяции и влиять на процессы размножения, что может также способствовать LD, однако это влияние зависит от других факторов, таких как миграция и выбор партнера.
Свободное скрещивание особей в популяции, используемой для расчета LD. Это, как правило, способствует достиганию равновесия, а значит, приводит к снижению LD, так как особи будут кроссироваться без каких-либо предпочтений, что значит, что аллели A и B будут наследоваться независимо.
Таким образом, первый, второй и третий сценарии могут привести к возникновению ненулевого LD в популяции, тогда как четвертый и пятый скорее будут способствовать его уменьшению или отсутствию.