Правильный вариант с расставленными знаками препинания:
Кремль (1), самая древняя часть столицы России (2), расположенная на берегу Москвы-реки. Именно здесь (3), на Боровицком холме (4), ещё в середине XII века князь Юрий Долгорукий основал свою усадьбу-крепость (5), впервые упомянутую в 1147 году. Примечательно (6), что стены и башни Кремля были воздвигнуты из красного кирпича (7), на месте прежних белокаменных в конце XV века (8), а колокольня Ивана Великого (9), самое высокое здание на Руси тех времён.
Таким образом, запятые должны стоять на местах: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9.
