Қоқан автономиясы мен Алаш Орда үкіметінің ортақ идеясы, қазақтар мен өзбектердің ұлттық автономия құруы, 20-ғасырдың басына тән күрделі тарихи процестермен байланысты еді. Дегенмен, бұл идеялардың жүзеге асуына түрлі факторлар кедергі болды.
Саяси факторлардан бастасақ, сыртқы және ішкі саяси жағдайдың күрделілігі негізгі себеп ретінде қарастыруға болады. Ресей империясының отарлық саясаты мен большевиктердің революциялық қозғалысы қоғамдық-саяси тұрақсыздықты туғызды. Қоқан автономиясы мен Алаш Орда саяси бірлестігі өз тарихында сыртқы күштердің әсерінен жиі өтпелі кезеңдерді бастан кешірді. Сөйтіп, олардың идеясын іске асыру жолында бірлестік пен ынтымақтастықтың жетіспеушілігі көрінді.
Әлеуметтік факторларға келсек, екі құрылым арасындағы этникалық және әлеуметтік шекаралар олардың халықаралық ынтымақтастығын шектеді. Қазақ пен өзбек халқының арасында қалыптасқан тарихи және мәдени айырмашылықтар, бір-біріне деген сенімнің төмендігі, бұл автономиялардың өзара бірігуін қиындатты.
Құқықтық тұрғыдан, Қоқан автономиясы мен Алаш Орда үкіметі өздерінің ұлттық мүдделерін жақтайтын құқықтық жүйені құра алмады. Ресей империясының заңдары мен ережелері бұл автономиялардың құрылуы мен қызметін шектеп отырды.
Осылайша, саяси, әлеуметтік және құқықтық факторлар Қоқан автономиясы мен Алаш Орда үкіметінің ортақ идеясын жүзеге асырудағы кедергілер болды.