В декабре 1564 года Иван Грозный покинул Москву и уехал в Александрову слободу, что стало причиной политических волнений. В начале 1565 года он отправил две грамоты, в которых обвинял бояр и духовенство в изменах и расхищении казны. В первой грамоте он заявил о своём намерении отречься от престола и жить, где будет угодно Богу. Во второй, обращенной к населению Москвы, он позиционировал себя как защитника простого народа от произвола бояр.
После этих событий в Москве началась паника, и горожане попросили духовенство уговорить царя вернуться. Иван Грозный согласился вернуться только при условии предоставления ему полномочий казнить недовольных по своему усмотрению. Он также инициировал создание нового порядка — опричнины, которая разделила страну на две части: опричнину и земщину. Опричнина, в управление которой вошли самые богатые области, стала центром царской власти, где бояре потеряли свои позиции.
Иван Грозный основал опричное войско, задача которого заключалась в подавлении «изменников» и устранении угрозы царской власти. Опричники использовали различные методы, включая насилие и казни, что вызвало недовольство среди населения. В результате в 1566 году на Земском соборе была подана челобитная об отмене опричнины, но ответ задерживался, и челобитчики стали жертвами репрессий. Митрополит Афанасий и его преемник Филипп протестовали против жестокостей опричников, что также закончилось их преследованием и насилием.
