В данном предложении запятые должны стоять на следующих местах (цифры указаны в порядке возрастания):
1, 2, 4, 5, 6, 7
Таким образом предложение с запятыми будет выглядеть так:
«Абсолютное молчание природы, подчеркнутое дальним глухим шумом поезда, да всплесками ещё не замёрзшей озёрной воды, студёной и тёмной, казалось, торжественной тишиной храма, покинутого древними богами.»
