Сложное предложение с неполным составом — это предложение, в котором есть зависимые части, и одно из них не завершено, оставляя часть смысла недосказанным.
Из предложенных вариантов правильным будет: "Мы ходили в музей, они — в кинотеатр." Здесь вторая часть предложения является неполной, так как присутствует обрамляющее "они", но не расписывается, что именно они делали.
Если у вас есть дополнительные вопросы касательно сложных предложений или других аспектов языка, не стесняйтесь задавать!