Грамматическая основа предложения "Запах человеческих и лошадиных следов, пни, сложенные дрова и тёмная унавоженная дорога пугали её" состоит из главного члена – подлежащего и сказуемого.
Здесь подлежащим является "Запах, пни, сложенные дрова и тёмная унавоженная дорога", а сказуемым – "пугали".
Таким образом, можно выделить грамматическую основу: "Запах и прочие предметы пугали".