Для правильного выбора формы глагола в данном предложении нужно учесть время, в котором оно написано. В нашем случае речь идет о действии, которое произошло в прошлом и завершилось до момента, когда она закрыла книгу.
Правильный вариант: "had lain" (она провела три часа в таком положении до того, как закрыла книгу).
Поэтому полное предложение будет звучать так: "Она закрыла книгу и встала с дивана, на котором она лежала три часа."
Если у вас остались вопросы по грамматике или другим темам, не стесняйтесь спрашивать!
