В сложноподчинённых предложениях придаточная часть может находиться внутри главной. Вот как это выглядит в предложениях, приведённых вами:
"Местность, где находился дом Лепутана, была за Москвой-рекою к Яузе, где-то на бережку." — придаточная часть "где находился дом Лепутана" находится внутри главной.
"Глеб Иванович схватил меня за руку и потащил на площадь, уже опустевшую и покрытую лужами, в которых отражался огонь единственного фонаря." — это сложное предложение, в котором одна из придаточных частей (в которой отражался огонь князя, например) находится внутри главной.
"Если вы не знакомы с Порфирием Петровичем, то советую как можно скорее исправить эту опрометчивость." — здесь нет придаточной внутри главной.
"При описи имущества, которое в то время, конечно, не всё в опись попало, найдено было в его спальне два ведра золотых и серебряных часов, цепочек и портсигаров." — придаточная часть "которое в то время, конечно, не всё в опись попало" находится внутри главной.
"Большая площадь в центре столицы, близ реки Яузы, окружённая облупленными каменными домами, лежит в низине, в которую спускаются, как ручьи в болото, несколько переулков." — здесь снова нет придаточной внутри главной.
Таким образом, правильные ответы: 1 и 4.