Для заполнения пропуска в предложении "They __________ (paint) the kitchen all day" с использованием Past Perfect или Past Perfect Continuous нужно рассмотреть контекст.
Если мы говорим о действии, которое закончилось до другого момента в прошлом, мы используем Past Perfect. В этом случае будет "They had painted the kitchen all day".
Если же мы хотим подчеркнуть то, что действие происходило продолжительное время до какого-то момента в прошлом, то употребляем Past Perfect Continuous: "They had been painting the kitchen all day".
Оба варианта могут быть правильными, в зависимости от того, что именно вы хотите выразить.
