Для определения последовательности аминокислот начала полипептида из заданной последовательности нуклеотидов, следуем следующим шагам:
Определяем кодирующую цепь: В данном случае, заданные цепи нуклеиновых кислот являются комплементарными и антипараллельными. Кодирующая область (матричная цепь) соответствует 5’—3’ направлению, а «некодирующая» соответствует 3’—5’.
Выбираем нужную цепь: Поскольку синтез мРНК происходит с 5' конца, мы используем верхнюю цепь (5’-ЦААТАТГЦГЦГГТАТТАТАГАГ-3’) в качестве кодирующей цепи. Комплементарная ее цепь будет служить для синтеза мРНК, и, поскольку кодирующая цепь заменяет Т на У, получаем соответствующую мРНК.
Синтезируем мРНК: Кодирующая цепь:
5'-ЦААТАТГЦГЦГГТАТТАТАГАГ-3'
После замены Т на У для синтеза мРНК, получаем:
5'-ЦААУАUGЦГЦГГУАУУАУАГАГ-3'Определяем открывающую рамку считывания (ОКС): Реберцо и т.д. начинается с первой стартовой кодонки (AUG), которая кодирует аминокислоту Мет. В данном случае, первые три нуклеотида после полученной мРНК:
- AUG (начало, кодируется Мет)
Считаем остальные аминокислоты: Продолжим отделять последовательность кодонов и определим, какие аминокислоты следуют за Мет. Расшифровав последовательность, получаем:
- Кодон 1: AUG (Мет)
- Кодон 2: ЦГЦ (Arg)
- Кодон 3: ГГТ (Gly)
- Кодон 4: АТТ (Ile)
- Кодон 5: АТА (Ile)
- Кодон 6: ГАГ (Glu)
Записываем полную последовательность аминокислот: Результирующая последовательность аминокислот:
- Мет - Арг - Гли - Иле - Иле - Глу
Таким образом, полипептид начинается с аминокислоты Мет и далее включает в себя другие аминокислоты, что приводит к последовательности:
Мет - Арг - Гли - Иле - Иле - Глу.
Таким образом, итоговая аминокислотная последовательность начинается с метионина и продолжается в порядке, согласно кодонам на мРНК.