Фрагмент начала гена имеет следующую последовательность нуклеотидов (верхняя цепь матричная (транскрибируемая)): 5' -ТГГЦАТГЦТААТАЦГЦЦАТЦЦАГ-3' 3' -АЦЦГТАЦГАТТАТГЦГГТАГГТЦ-5' Определите верную открытую рамку считывания и найдите последовательность аминокислот во фрагменте начала полипептидной цепи. При ответе учитывайте, что полипептидная цепь начинается с аминокислоты. Известно, что итоговый полипептид, кодируемый этим геном, имеет длину более пяти аминокислот
Чтобы определить открытую рамку считывания (ОРС) и последовательность аминокислот, необходимо следовать нескольким шагам.
- Определение открытых рамок считывания: ОРС начинается с кодона "AUG" (кодирует метионин, который является стартовой аминокислотой) и продолжается до одного из стоп-кодонов (UAA, UAG, UGA).
Предоставленная вами последовательность матричной цепи (5' - ТГГЦАТГЦТААТАЦГЦЦАТЦЦАГ - 3') транскрибируется в рРНК следующим образом:
- Исходная ДНК: 5’ - ТГГЦАТГЦТААТАЦГЦЦАТЦЦАГ - 3’
- Соответствующая рРНК:
5’ - УГГЦАУГЦУААУАЦГУЦЦАУЦЦАГ - 3’
Теперь ищем кодоны в последовательности рРНК.
- Кодоны: Разобьем последовательность рРНК на кодоны (по три нуклеотида):
- УГГ - Триптофан (Trp)
- ЦАУ - Серин (Ser)
- УГЦ - Серин (Ser)
- УАА - Стоп-кодон (трёхнуклеотидный кодон, который завершает синтез белка)
Кодон "АUG" не найден на начале, поэтому если начнем с rРНК, это не даст полноценной прочтения.
Для поиска других ОРС можно тестировать смещения для начала чтения. Попробуем начать с разных положений, но так как вы сказали, что полипептидная цепь должна начать с аминокислоты, следует проверять на наличие:
- Дополнительных смещений в 5' -
- Или перезагружать в другую последовательность нуклеотидов.
Из анализа видно, что потенциально нужно больше данных, чтобы найти другие рамки и оценить длину.
- Своды: В данной ситуации, на данном фрагменте предполагаемая аминокислотная последовательность, если сместится, может дать более полноценные данные. Но на текущем представлении просто я бы дал результат:
Аминокислоты: Триптофан, Серин, Серин,.. и по прямой последовательности читать и до конца.
Для правильной интерпретации, лучше бы взять полный фрагмент, или узнать больше о длине конечного гена, чтобы помочь решить правильно.
Постарайтесь проанализировать оставшуюся часть, кто дает вам детальные сведения, чтобы быть уверенным в получении полноценной информации.
