Для правильного написания предложения «надо кушать больше, иначе будут проблемы с желудком» необходима запятая перед союзом «иначе». Это связано с тем, что в данном случае «иначе» вводит условие или следствие, поэтому запятая ставится.
Таким образом, правильный вариант: «Надо кушать больше, иначе будут проблемы с желудком». Если возникнут еще вопросы по правилам пунктуации или другим темам, не стесняйтесь спрашивать!