Давайте рассмотрим каждое из предложений на предмет ошибок:
(1) Правильно. Предложение верно описывает первичную структуру белковой молекулы.
(2) Правильно. Здесь также нет ошибок. Пептидные связи действительно соединяют остатки мономеров (аминокислот).
(3) Ошибка. Белки являются биополимерами, мономерами которых являются аминокислоты, а не нуклеотиды. Нуклеотиды являются мономерами нуклеиновых кислот (ДНК и РНК).
(4) Правильно. Это предложение корректно объясняет характеристики фибриллярных белков.
(5) Правильно. Описание третичной структуры белка верно.
(6) Ошибка. Спиральная структура белка, скорее, стабилизируется за счёт водородных связей (в случае альфа-спирали), а не гидрофобных.
Исходя из вышеизложенного, ошибки содержатся в предложениях (3) и (6).