В данном предложении деепричастный оборот выделяется следующим образом: "недоумевая".
Полное предложение с деепричастным оборотом выглядит так: "Он, недоумевая, смотрел на командира."
Деепричастный оборот отвечает на вопрос "что делая?" – в данном случае "недоумевая". Такой оборот помогает раскрыть причину или обстановку действия. Если у вас будут дополнительные вопросы по данной теме, с радостью помогу!