В предложении «There .... not at school yesterday» правильным вариантом будет «were».
Таким образом, полный ответ будет следующим: «There were not at school yesterday».
Это связано с тем, что мы говорим о прошлом времени, и «were» используется для множественного числа в прошедшем времени. Если у вас есть дополнительные вопросы по грамматике или другим темам, не стесняйтесь спрашивать!