Давайте рассмотрим предложенные варианты.
"Мы встретимся в ближайшее время, например завтра." — В этом предложении запятая перед "например" расставлена правильно, так как вводное слово выделяется запятой.
"Эти неприхотливые яркие цветы называют календулой или ноготками." — Здесь все запятые расставлены корректно. Предложение простое, поэтому знаков препинания не требуется.
"Кроме меня, в классе никого не было." — Запятая перед "в классе" здесь не нужна, так как "Кроме меня" не является вводным словом, а состоит из однородных членов.
"Недалеко от Санкт-Петербурга, в двадцати девяти километрах к западу, на острове Котлин, Петр Первый заложил город-крепость Кронштадт." — В этом предложении знаки препинания расставлены правильно. Запятые разделяют части сложного предложения.
Таким образом, неверное употребление знаков препинания наблюдается в предложении 3: правильный вариант — "Кроме меня в классе никого не было".
