У голосеменных растений, в отличие от папоротников, не происходит формирования спор.
Голосеменные растения размножаются семенами, которые развиваются из семязачатков, и образуют мужские и женские половые клетки в своих репродуктивных structures (например, в шишках). Папоротники же размножаются спорами, которые образуются на нижней стороне листьев, и имеют достаточно сложный жизненный цикл, включающий стадийную смену между спорофитом иgametoфитом. Таким образом, основной момент различия заключается в том, что голосеменные используют семена в своем цикле размножения, а папоротники — споры.