В данном предложении запятая должна быть поставлена перед союзом "и", так как это соединение двух однородных членов. Правильный вариант будет выглядеть так:
"Глаза, сверкавшие из-под нависших бровей, смотрели упорно и мрачно."
Запятая ставится также после оборота "сверкавшие из-под нависших бровей", так как это обособленный член предложения. Если есть дополнительные вопросы по пунктуации или другим аспектам языка, с радостью помогу!