Для того чтобы определить последовательность аминокислот во фрагменте полипептидной цепи, следуем структуре и этапам синтеза белка. Начнем с нижней цепи матрицы, которая является комплементарной кодирующей (сенс) цепи.
Установим кодирующую цепь: Если у вас есть нижняя цепь матрицы:
3'-Т-А-Г-Т-А-Ц-А-Т-А-Ц-Ц-Г-А-Т-Ц-Т-Ц-Г-А-Т-А-А-5'То комплементарная кодирующая цепь (сенс цепь) будет:
5'-А-Т-Ц-А-Т-Г-Т-А-Т-Г-Г-Ц-Т-А-Г-А-Г-Ц-Т-А-Т-Т-3'Определим открывающий кадр: Так как синтез полипептида начинается с кода, мы ищем стартовый кодон. В данном случае, кодоны предшествующие метионину (MET) – это АУГ (AUG). Однако, в данном фрагменте затрудняемся его найти, и нужно отталкиваться от той информации, что вы указали: полипептид начинается с аминокислоты метионин (МЕТ).
Проведем трансляцию кодонов: Прежде всего, воспользуемся таблицей генетического кода для расшифровки триплетов. Начнем с первого триплета и будем их толковать до конца фрагмента, начиная с адаптированного кода, так как вы указали, что начнем с МЕТ.
Считывание кодонов из кодирующей цепи: Кодирующая цепь:
5'-А-Т-Ц-А-Т-Г-Т-А-Т-Г-Г-Ц-Т-А-Г-А-Г-Ц-Т-А-Т-Т-3'Разобьем на кодоны:
- АТЦ (Ile)
- АТГ (Met)
- ТА (недостаточный кодон)
- ТГГ (Trp)
- ЦТ (недостаточный кодон)
- АГ (недостаточный кодон)
- АГЦ (Ser)
- ТА (недостаточный кодон)
- ТТ (недостаточный кодон)
Определяем последовательность аминокислот: Поскольку полипептидная цепь начинается с метионина (Met), при расшифровке учитываем следующие полные кодоны:
- Мет (Met) - кодон АТГ
- Триптофан (Trp) - кодон ТГГ
- Далее возможно несколько недостающих кодонов и аминокислот.
Таким образом, последовательность аминокислот из указанного фрагмента гена, с учетом того, что синтез начинается с метионина:
- Мет (Met, АТГ)
- Триптофан (Trp, ТГГ)
Учитывая, что полипептид должен быть длиннее 4-х аминокислот, нам требуется больше информации о возможных последовательностях активных кодонов, чтобы определить полную последовательность.
Вывод: до тех пор, пока будет доступный полный фрагмент кода (движение по длине цепи с учетом последовательности), мы можем продолжать процесс расшифровки, используя готовую таблицу генетического кода. Надеюсь, это объяснение поможет вам лучше понять процесс!
