Ваш вопрос касается правильного употребления выражения в русском языке. В данном случае корректным будет первое предложение: «столкнулись ни с чем иным, как со случаем распространения вируса Эбола».
Фраза «столкнулись не с чем иным, как со случаем» также может использоваться, однако в данном контексте предпочтительнее первая форма, так как она более естественна и грамматически правильно передает смысл.
Если у вас есть дополнительные вопросы по русскому языку или другим учебным темам, с удовольствием помогу!