В данном предложении правильный вариант будет: "Поезд уже уехал, когда мы прибыли на станцию."
Здесь важно отметить, что вы используете прошедшее время для обоих действий, так как первое действие (поезд уехал) произошло раньше, чем второе (мы прибыли). Использование "уже" указывает на то, что поезд покинул станцию до нашего прихода.
Если у вас есть дополнительные вопросы по грамматике или другим темам, не стесняйтесь задавать!