Грамматическая основа в предложении: "Запах человеческих и лошадиных следов, пни, сложенные дрова и тёмная унавоженная дорога пугали её" состоит из подлежащего и сказуемого.
Подлежащее: "Запах человеческих и лошадиных следов, пни, сложенные дрова и тёмная унавоженная дорога" (это все составляющие, которые пугают).
Сказуемое: "пугали".
Таким образом, основная структура предложения: "Подлежащее + Сказуемое".