В данном предложении действительно наблюдается сложная структура, однако можно утверждать, что это сложноподчинённое предложение с несколькими придаточными частями, а не с неоднородным соподчинением.
В предложении содержится одно главное предложение («Эту поэму из камня надо перечитывать многократно»), а также два придаточных:
- «чтобы понять, в чём прелесть этого необыкновенного сооружения» — это придаточное цели.
- Внутри этого второго придаточного есть дополнительно обособленный оборот «в чём прелесть этого необыкновенного сооружения», который является уточняющим.
Таким образом, предложение не содержит неоднородного соподчинения, так как придаточные части не равнозначны и служат одной цели.