В предложении "Пешковский считал, что только сознательное владение грамматикой делает человека по-настоящему грамотным, помогает ему ясно и правильно выражать свои мысли" главным членом является сказуемое. Главный член предложения - это "считал", а также в предложении есть несколько других сказуемых: "делает" и "помогает".
Если выделить главное предложение, то его структура будет таковой: "Пешковский считал". Остальная часть является придаточной и объясняет, что именно считал Пешковский.