В данном предложении правильная расстановка запятых будет следующей:
Под огнем (1) перебегая (2) от одного укрытия к другому (3), он осмотрел расположение батальона (4) и отдал приказ (5) отвести шестую роту в лесок (6) с тем (7), чтобы (8) там была подготовлена запасная линия обороны.
Запятые ставятся перед "он" (потому что перед ним стоит вводное предложение) и перед "чтобы" (так как это сложносочиненное предложение).