Вот исправленный текст с вставленными пропущенными буквами, раскрытыми скобками и выполненными инструкциями:
Там где есть растительный перегной, вода в реках прозрачная, а в глинистой почве она замутнена.
(где есть перегной) - подлежащее: вода; сказуемое: прозрачная.
(где она замутнена) - подлежащее: она; сказуемое: замутнена.
Там где говорит научная любознательность, сообразениями личного порядка места (не) остаются.
(где говорит любознательность) - подлежащее: любознательность; сказуемое: говорит.
(где остаются) - подлежащее: места; сказуемое: остаются.
Там где растут высокие тополя и есть потайная дверь.
(где растут тополя) - подлежащее: тополя; сказуемое: растут.
(где есть дверь) - подлежащее: дверь; сказуемое: есть.
Мы посмотрели туда, где зелёные заросли окаймляли края скал, но не увидели ни малейшего движения.
(где окаймляли) - подлежащее: заросли; сказуемое: окаймляли.
(где не увидели) - подлежащее: мы; сказуемое: не увидели.
Но там где интеллект и воля действуют за одно, выход всегда (найдётся).
(где действуют) - подлежащее: интеллект и воля; сказуемое: действуют.
(где найдётся) - подлежащее: выход; сказуемое: найдётся.
Когда Челленджер карабкался в верх по камням, она одним ударом своего свирепого изогнутого клюва, как долотом, сорвала ему каблук.
(когда карабкался) - подлежащее: Челленджер; сказуемое: карабкался.
(что сорвала) - подлежащее: она; сказуемое: сорвала.
Когда мы спускались в низ по реке, нашу лодку перевернуло.
(когда спускались) - подлежащее: мы; сказуемое: спускались.
(что перевернуло) - подлежащее: лодку; сказуемое: перевернуло.
Не в моём характере, сэр, присмыкаться перед кем-нибудь и доказывать свою правоту, когда мои слова брут под сомнение.
(где присмыкается) - подлежащее: я (неявное); сказуемое: присмыкаться.
(что брут) - подлежащее: слова; сказуемое: брут.
Когда этот гул в первые донёсся до нас, чёлны шли на расстоянии не скольких ярдов один от другого.
(когда донёсся) - подлежащее: гул; сказуемое: донёсся.
(что шли) - подлежащее: чёлны; сказуемое: шли.
Средства связи: "где", "но", "когда", "а", "и", "как".
Запятые расставлены в местах сочинительных и сложноподчинённых союзов.