Укажите цифру(-ы), на месте которой(-ых) должна(-ы) стоять запятая(-ые). В те далёкие-далекие времена (1) когда Нил был так широк (2) что даже крокодилы не могли переплыть его (3)…

Запятые должны стоять в следующих местах:

1. (1) — запятая не нужна, так как "времена когда" — это сложносочинённое предложение, и запятая перед "когда" не ставится, поскольку "когда" здесь не вводит придаточное предложение.
2. (2) — запятая не нужна, "так широкий что" — это также сложносочинённое предложение, и запятая перед "что" не ставится.
3. (3) — запятая не нужна, так как это простое предложение.
4. (4) — запятая необходима: перед "кто" запятая ставится, так как это вводит придаточное предложение.

Таким образом, требуется запятая только в (4).

Итог: запятая ставится только в (4).