Рассмотрим каждое предложение отдельно:
"Подводные археологи обнаружили греческое судно на дне средиземного моря, затонувшее почти три тысячелетия назад."
- Это предложение построено правильно. Причастный оборот "затонувшее почти три тысячелетия назад" относится к слову "судно".
"Учёных заинтересовал необычный груз: судно перевозило предназначенный для перелаввки металлолом."
- Здесь есть ошибка в предложении. Правильная форма — "металлолом, предназначенный для переработки". В данном случае "предназначенный для переработки" является причастным оборотом, который неправильно поставлен после "металлолом", так как это создает возможность неверного понимания. Объект, к которому относится причастный оборот, лучше поместить в более четкий контекст.
Исправленный вариант второго предложения: "Учёных заинтересовал необычный груз: судно перевозило металлолом, предназначенный для переработки."
Таким образом, второе предложение нуждается в редактировании, а первое — корректно построено.