Река Нигер начинается в горной области Фута-Джаллон в Гвинее. Широта истока около 10° северной широты, а долгота примерно 9° западной долготы.
Разливается река Нигер в основном в период дождей, который в этом регионе обычно длится с июня по сентябрь. В это время дождевые осадки способствуют значительному увеличению уровня воды в реке и на прилегающих территориях, что часто приводит к разливу.