В данном предложении необходимо поставить запятую перед союзом «и», так как вторая часть сложносочиненного предложения содержит присоединительный элемент. Правильный вариант будет выглядеть так: «В глубине леса пряталось озеро, и его воды очень красиво отражали звёздное небо».
Запятая перед союзом «и» помогает отделить две части предложения и делает его более понятным для чтения.