В предложении "Глаза у него были зеленЫ", ударение в слове "зелёны" действительно должно падать на последний слог: "зелёны́".
Форма слова "зелёны" (с ударением на последний слог) является правильной, так как оно употребляется в сочетании с существительным "глаза" во множественном числе. Важно помнить, что в русском языке ударение может менять значение слова, поэтому правильное ударение — это ключевой момент.
Таким образом, если в предложении ударение действительно падает на последний слог, то фраза правильная.
Итог: Предложение "Глаза у него были зеленЫ" правильное, если делать ударение на последний слог в слове "зелёны".