Чтобы расставить знаки препинания в предложении, нужно понять структуру данного предложения и логические связи между частями. Рассмотрим его внимательно.
Предложение: "Каков (1) был этот первоначальный каменный Детинец (2) неизвестно (3) так как (4) современный новгородский кремль относится к значительно более позднему времени."
Начнем с первого места, где стоит цифра (1). Здесь у нас вводное слово "Каков", за которым, фактически, не требуется запятая, так как оно не отделяет прямую речь или обособляет какой-то оборот. Запятая не ставится.
На втором месте (2) "неизвестно" находится в середине предложения и также не требует обособления, так как это часть однородного сказуемого. Значит, запятая тоже не ставится.
Третье место (3) – "так как". Это союз, который вводит придаточное предложение. Перед ним в сложносочиненном предложении необходимо ставить запятую, так что здесь запятая должна быть.
На четвертом месте (4) – "современный новгородский кремль относится к значительно более позднему времени". После "так как", запятая не требуется, потому что это структурная связь.
Таким образом, запятая будет стоять только перед союзом "так как".
Наконец, в предложении должна стоять запятая под номером 3.
Итак, итог: запятая должна стоять на месте (3).