В представленном предложении следует исключить слово "его", так как оно лишнее и не несет смысловой нагрузки.
Исправленное предложение будет выглядеть следующим образом:
"Специальный футляр для повседневного хранения Знаменской иконы был похищен фашистами во время военной оккупации Новгорода, и наука располагает лишь не очень точными прорисовками и весьма скверными фотографиями, сделанными перед самой войной, после расчистки изображения от позднейших обновлений."
Таким образом, лишнее слово – это "его".